検査と技術34巻11号

2006年10月発行

増刊号 新しい臨床検査・未来の臨床検査 総論

2　疾患プロテオミクスの現状と将来展望

著者： 野村文夫¹²

所属機関： ¹千葉大学大学院医学研究院分子病態解析学 ²千葉大学医学部附属病院疾患プロテオミクス寄附研究部門

ページ範囲：P.1007 - P.1012

　はじめに

　ポストゲノムあるいはポストシークエンス時代に入り，トランスクリプトーム，プロテオームが盛んに論じられるようになった．公式の論文上1995年に初めて登場したとされるproteomeという用語も既に市民権を得ている．プロテオーム解析技術の進歩はめざましく，ノーベル化学賞につながった田中耕一氏のMALDIを利用した質量分析ベースの方法を初めとして，近年急速な展開をみせている．包括的プロテオーム解析において蛋白質の同定が容易になってきたことはヒトゲノム計画の成果により，ヒト遺伝子のデータベースが整った結果であることはいうまでもない．いわゆる疾患プロテオミクスは，近い将来，臨床検査への応用も可能となることが期待されている．

　本稿では臨床検査からみた疾患プロテオミクスについて自験例を含めて述べる．

参考文献

1）　平野久．プロテオミクスの概念とプロテオーム解析．臨床検査　47：1209-1214，2003

2）　Wasinger VC, Cordwell SJ, Cerpa-Poljak A, et al:Progress with gene-product mapping of the Mollicutes:Mycoplasma genitalium. Electrophoresis　16：1090-1094，1995

3）　戸田年総：プロテオーム研究における近年の進歩と将来の展望．タンパク質最前線セミナー2　疾患プロテオームプロファイリング：相互作用解析．エーイー企画，pp4-5，2003

4）　Tirumalai RS, Chan KC, Prieto DA, et al:Characterization of the low molecular weight human serum proteome. Mol Cell Proteomics　10：1096-1103，2003

5）　Shen Y, Kim J, Strittmatter EF, et al:Characterization of the human blood plasma proteome. Proteomics　5：4034-4045，2005

6）　Pieper R, Su Q, Gastlin CL, et al:Multi-component immunoaffinity subtraction chromatography:an innovative step towards a comprehensive survey of the human plasma proteome. Proteomics　3：422-432，2003

7）　Bjorhall K, Miliotis T, Davidsson P:Comparison of different depletion strategies for improved resolution in proteomic analysis of human serum samples. Proteomics　5：307-317，2005

8）　Lowenthal MS, Mehta AI, Frogale K, et al:Analysis of albumin-associated peptides and proteins from ovarian cancer patients. Clin Chem　51：1933-1945，2005

9）　O'Farrell PH:High resolution two-dimensional electrophoresis of serum proteins. Nature　177：1033，1956

10) Bjellqvist B, Righetti PG, Gianazza E, et al:Isoelectric focusing in immobilized pH gradients:principle, methodology and some applications. J Biochem Biophys Methods　6：317-339，1982

11) Oh-Ishi M, Satoh M, Maeda T:Preparative two-dimensional gel electrophoresis with agarose gels in the first dimension for high molecular mass proteins. Electrophoresiss　21：1653-1669，2000

12) Tomonaga T, Matsushita K, Yamaguchi S, et al:Identification of altered protein expression and post-translational modifications in primary colorectal cancer by using agarose two-dimensional gel electrophoresis. Clin Cancer Res　10：2007-2014，2004

13) Unlu M, Morgan ME, Minden JS:Difference gel electrophoresis:a single gel method for detecting changes in protein extracts. Electrophoresis　18：2071-2077，1997

14) Nishimori T, Tomonaga T, Matsushita K, et al:Proteomic analysis of primary esophageal squamous cell carcinoma reveals downregulation of a cell adhesion protein, periplakin. Proteomics　6：1011-1018，2006

15) Weinberger SR, Dalmasso EA, Fung ET:Current achievements using ProteinChip array technology. Curr Opi Chem Biol　6：86-91，2002

16) Petricoin EF, Ardekani AM, Hitt BA, et al:Use of proteomic patterns in serum to identify ovarian cancer. Lancet　359：572-577，2002

17) Adam BL, Qu Y, Davis JW, et al:Serum protein fingerprinting coupled with a pattern-matching algorithm distinguishes prostate cancer from benign prostate hyperplasia and healthy men. Cancer Res　62：3609-3614，2002

18) Rosty C, Christa L, Kuzdzal S, et al:Identification of hepato carcinoma-intestine-pancreas/pancreatitis-associated protein I as a biomarker for pancreatic ductal adenocarcinoma by protein biochip technology. Cancer Res　62：1868-1875，2002

19) Won Y, Song HJ, Kang TW, et al:Pattern analysis of serum proteome distinguishes renal cell carcinoma from other urologic diseases and healthy persons. Proteomics　3：2310-2316，2003

20) Nomura F, Tomonaga T, Sogawa K, et al:Identification of novel and downregulated biomarkers for alcoholism by surface enhanced laser desorption/ionization-mass spectrometry. Proteomics 2004;　4：1187-1194

21) Sogawa K, Nomura F, Itoga S, et al:Diagnostic values of SELDI-TOF MS technology for screening of habitual drinkers. Alcoholism Clin Exp Res (in press)

22) Zhang X, Leung SM, Morris CR, et al:Evaluation of a novel, integrated approach using functionalized magnetic beads, bench-top MALDI-TOF MS with prestructured sample supports, and pattern recognition software for profiling potential biomarkers in human plasma. J Biomol Tech　15：167-175，2004

23) Check E:Running before we can walk? Nature　429：496-497，2004

24) Liotta LA, Lowenthal M, Mehta A, et al:Importance of communication between producers and consumers of publicly available experimental data. J Natl Cancer Inst　97：310-314，2005

25) Hsieh SY, Chen RK, Pan YH, et al:Systematical evaluation of the effects of sample collection procedures on low-molecular-weight serum/plasma proteome profiling. Proteomics　6：3189-3198，2006

26) Kimura A, Nezu M, Sunaga M, et al:Effect of various preanalytical factors on human serum protein profiles generated with surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis (submitted).

27) Semmes OJ, Feng Z, Adam BL, et al:Evaluation of serum protein profiling by surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry for the detection of prostate cancer:1. Assessment of platform reproducibility. Clin Chem　51：102-112，2005