検査と技術34巻2号

2006年02月発行

けんさアラカルト

ダイレクトシーケンスによるHCV遺伝子型同定法

著者： 内藤勝人¹

所属機関： ¹山梨大学医学部附属病院検査部

ページ範囲：P.148 - P.149

　C型肝炎ウイルス(hepatitis C virus，HCV)は約9.5kbのプラス鎖RNAをゲノムとするウイルスであり，HCV感染の半数以上は持続感染し，慢性肝炎，肝硬変，肝細胞癌の70％以上が起因している^1）．C型肝炎の治療法はインターフェロン(INF)療法が一般的であるが，最近は，INFとリバビリンとの併用療法が施行されつつあり，その効果にはHCV量および遺伝子型が関与し，特に遺伝子型は肝障害の重症度と関連性がある^2）．なお，表のごとく従来からHCV遺伝子型の分類が各研究者から報告されているが，現在ではSimmondsらの分類が統一呼称として用いられている^3）．その判別法としては種々の方法があるが，本稿では各種HCV遺伝子型同定法の特性およびダイレクトシーケンスによるHCV遺伝子型同定法(以下，ダイレクトシーケンス法)の概要とその有用性について概説する．

　各種HCV遺伝子型同定法の特性

　HCV遺伝子型同定法は，わが国では岡本らにより確立した方法が標準的方法であり，スマイテストHCVジェノタイプ(特殊免疫研究所)として市販されている^4）．本キットはHCV陽性血清から抽出したHCV-RNAを使用し，各遺伝子型(Ⅰ～Ⅳ)共通のCORE領域の1部(272bp)を逆転写反応させ，その増幅DNAを鋳型として，各ジェノタイプ特異的プライマーを使用し，nested-PCR(polymerase chain reaction，ポリメラーゼ連鎖反応)法によりDNA増幅を行い，得られた電気泳動パターンによりHCV遺伝子型を判定するものである．利点としてはnested-PCR法を用いることで検出感度に優れている点であるが，反面，特異性に難がある．

参考文献

1）　Tsukuma H, Hiyama T, Tanaka S, et al: Risk factors for hepatocellular carcinoma among patients with chronic liver disease. N Engl J Med　328：1797-1801，1993

2）　Tsubota A, Chayama K, Ikeda K, et al: Factors predictive of response to interferon-α therapy in hepatitis C virus infection. Hepatology　19：1088-1094，1994

3）　Simmonds P, Holmes EC, Cha TA, et al: Classification of hepatitis C virus into six major genotypes by phylogenetic analysis of the NS-5 region. J Gen Virol　74：2391－2399，1993

4）　Okamoto H, Sugiyama Y, Okada S, el al: Typing hepatitis C virus by polymerase chain reaction with type specific primers-application to clinical surveys and tracing infectious sources. J. gen virol　73：673-679，1992

5）　Chayama K, Tsubota A, Arase Y, et al: Genotypic subtyping of hepatitis C virus. J Gastroenterol Hepatol　8：150-156，1993

6）　Tsukiyama-kohara K, Yamaguchi K, Maki N, et al: Antigenicities of group I and group II hepatitis C virus polypeptides molecular basis of diagnosis. Virology　192：430-437，1993

7）　Germer JJ, Rys PN, Thorvilson JN, et al: Determination of hepatitis C virus genotype by direct sequence analysis of products generated with the Amplicor HCV test. J Clin Microbiol　37：2625-2630，1999

8）　Gargiulo F, De Francesco MA, Pinsi G, et al: Determination of HCV genotype by direct sequence analysis of Quantitative PCR products. J Med Virol　69：202-206，2003

9）　Chen Z, Weck KE: Hepatitis C virus genotyping: Interrogation of the 5'untranslated region cannot accuracy distinguish genotypes 1a and 1b. J Clin Microbiol　40：3127－3134，2002