検査と技術50巻10号

2022年10月発行

臨床検査のピットフォール

PCRにおけるプライマー・プローブ設計の注意点—SARS-CoV-2遺伝子検査・変異株スクリーニング検査を理解するために

著者： 松田和之¹²

所属機関： ¹信州大学学術研究院保健学系 ²信州大学医学部保健学科検査技術科学専攻（生体情報検査学領域）

ページ範囲：P.1184 - P.1186

はじめに

　SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）感染者数の増減が繰り返されている．感染の繰り返しは，ウイルス株の変化（変異株）も起因している．ウイルスは高率に塩基配列の置換を起こし，懸念される変異株（variants of concern：VOC）に分類された場合，種類の判別が必要となる．変異株の種類に関係なくSARS-CoV-2を検出・検査していくなかで，VOCである変異株を判別・検出しなければならない“時期”がある．本稿では，SARS-CoV-2遺伝子検査および変異株スクリーニング検査を理解するためにプライマーとプローブの設計上の注意点を踏まえ，塩基配列を特異的に検出する方法について概説する．

参考文献

1）Shirato K, Matsuyama S, Takeda M : Less frequent sequence mismatches in variants of concern (VOCs) of SARS-CoV-2 in the real-time RT-PCR assays developed by the National Institute of Infectious Diseases, Japan. Jpn J Infect Dis　75：96-101，2022

2）Shirato K, Tomita Y, Katoh H, et al : Performance evaluation of real-time RT-PCR assays for the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 developed by the National Institute of Infectious Diseases, Japan. Jpn J Infect Dis　74：465-472，2021

3）Newton CR, Graham A, Heptinstall LE, et al : Analysis of any point mutation in DNA. The amplification refractory mutation system (ARMS). Nucleic Acids Res　17：2503-2516，1989

4）Livak KJ, Marmaro J, Todd JA : Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nat Genet　9：341-342，1995