公衆衛生87巻6号

2023年06月発行

特集 小児のCOVID-19とその対策

SARS-CoV-2の変異とウイルスゲノムサーベイランス

著者： 影山努¹

所属機関： ¹国立感染症研究所 感染症危機管理研究センター

ページ範囲：P.508 - P.515

ポイント
◆リアルタイムに変異ウイルスの発生動向を監視するウイルスゲノムサーベイランス体制「COG-JP」が構築された。
◆オミクロン出現後は約31カ所/年（その前は約23カ所/年）の頻度でゲノム変異があり、それ以前よりも変異の頻度は高い。
◆変異ウイルスの出現は感染症対策の大きな懸念事項となるため、継続的に変異ウイルスの出現を監視する必要がある。

参考文献

1）Wu F, et al: A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature 579: 265-269, 2020

2）Zhou P, et al: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature 579: 270-273, 2020

3）白戸憲也：SARS-CoV-2遺伝子検出法について．臨とウイルス 48: 248-257, 2020

4）厚生労働省：データからわかる—新型コロナウイルス感染症情報—，2023年1月22日版．　https://covid19.mhlw.go.jp（2023年1月24日閲覧）

5）GISAID: https://gisaid.org（2023年1月24日閲覧）

6）Banerjee A, et al: Molecular Determinants of SARS-CoV-2 Variants. Trends Microbiol 29: 871-873, 2021

7）Chrisman BS, et al: Indels in SARS-CoV-2 occur at template-switching hotspots. BioData Min 14: 20, 2021

8）黒田 誠，他：公衆衛生対策を促進する病原体ゲノムサーベイランス体制の整備．病原微生物検出情報（IASR） 43: 275-276, 2022

9）Nextstrain CoVariants: Overview of Variants/Mutations.　https://covariants.org/variants（2023年1月24日閲覧），Overview of Variants in Countries.　https://covariants.org/per-country（2023年1月24日閲覧）

10）Peacock PT, et al: The altered entry pathway and antigenic distance of the SARS-CoV-2 Omicron variant map to separate domains of spike protein. Bio Rxiv 2022　https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.31.474653v2（2023年3月10日閲覧）

11）Imai K, et al: SARS-CoV-2 Omicron Variant in Human Saliva Samples in Cell-Free Form. JAMA Netw Open 6: e2250207, 2023

12）大谷可菜子，他：日本における新型コロナウイルス感染症の流行波ごとの性別・年齢的特徴の疫学的検．病原微生物検出情報（IASR） 43: 273-275, 2022

13）厚生労働省：第86回新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（令和4年6月1日），資料3−8 岡部先生提出資料「新型コロナウイルス感染症の課題について（案）」．　https://www.mhlw.go.jp/content/10900000/000945987.pdf（2023年3月10日閲覧）

14）国立感染症研究所：SARS-CoV-2変異株について．　https://www.niid.go.jp/niid/ja/2019-ncov/2551-cepr/10745-cepr-topics.html（2023年1月24日閲覧）

15）Nextstrain: Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 with subsampling focused globally over the past 6 months.　https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global/6m（2023年3月10日閲覧）