Ⅰ．起因微生物

　重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)で，コロナウイルス科ベータコロナウイルス属SARS関連コロナウイルス種のなかの1つの株である．ウイルス受容体はアンジオテンシン変換酵素Ⅱ(ACE2)である．ACE2は気道上皮・肺胞上皮のみならず，血管内皮など全身に分布する．ウイルスの最外層のエンベロープ膜上で外方に突出し存在するスパイク(S)蛋白質の受容体結合領域(RBD)がACE2に結合することから感染サイクルが開始される．中和抗体は，主にRBDに結合して感染を阻止する抗体である．2021年12月以降にパンデミックの主流となったのは，変異株B.1.1.529(WHOは「オミクロン変異株」と命名．以下，オミクロン株)である．オミクロン株の特徴は，それまでの変異株感染やワクチン接種で得られた中和抗体から逃避できるという点である．

　ウイルスのS遺伝子進化には2つの駆動