臨床検査49巻5号

2005年05月発行

今月の主題 マイクロアレイ技術の進歩 総論

マイクロアレイ技術に必要な基礎知識

著者： 佐々木博己¹

所属機関： ¹国立がんセンター研究所腫瘍ゲノム解析情報研究部

ページ範囲：P.483 - P.489

〔SUMMARY〕　マイクロアレイは，約10年ほど前に開発され，20～100merのヌクレオチド，cDNA，数100kbのゲノムDNA(BACクローンDNA)が基盤上に高密度に並べられたチップである．検体DNAやRNAとのハイブリダイゼーションによって，塩基配列の決定，遺伝子変異・SNPの解析，遺伝子の発現量・コピー数の測定およびDNAのメチル化解析といったDNA，RNAの多様な質的および量的変化をゲノムワイドに調べることができる．最近，網羅的な細胞への遺伝子(cDNAやsiRNA)導入に使われたり，クロマチン免疫沈降との組み合わせによって，DNA複製複合体などあらゆる複合体の解析に威力を発揮できることがわかってきた．マイクロアレイの種類と用途や価格を含め，マイクロアレイの基礎を概括する．〔臨床検査　49：483-489，2005〕

参考文献

１) Liu CG, Calin GA, Meloon B, et al：An oligonucleotide microchip for genome-wide microRNA profiling in human and mouse tissues. Pro Natl Acad Sci USA　101：9740-9744, 2004

２) Baskerville S, Bartel DP：Microarray profiling of microRNAs reveals frequent coexpression with neighboring miRNAs and host genes. RNA　11：241-247, 2005

３) Lim LP, Lau NC, Garrett-Engele P, et al：Microarray analysis shows that some micro RNAs downregulate large numbers of target mRNAs. Nature　433：769-773, 2005

４) Honma K, Ochiya T, Nagahara S, et al：Atelocollagen-based gene transfer in cells allows high-throughput screening of gene functions. Biochem Biophys Res Commun　289：1075-1081, 2001

５) Ziauddin J, Sabatini DM：Microarrays of cells expressing defined cDNAs. Nature　411：107-110, 2001

６) Aoyagi K, Tatsuta T, Nishigaki M, et al：A faithful method for PCR-mediated global mRNA amplification and its integration into microarray analysis on laser-captured cells. Biochem Biophys Res Commun　300：915-920, 2003

７) Kobayashi K, Nishioka M, Kohno T, et al：Identification of genes whose expression is upregulated in lung adenocarcinoma cells in comparison with type II alveolar cells and brochiolar epithelial cells in vivo. Oncogene　23：3089-3096, 2004

８) Aoyagi K, Sasaki H：Laser capture microdissection-microarray technology；global mRNA amplification for expression profiling on laser captured cells. Handbook of Immunohistochemistry and in situ hybridization of human carcimomas. Vol2 (Hayat, MA, ed), Elsevier Academic Press, Burlington, San Diego, London, pp3-10, 2005

９) Tanabe C, Aoyagi K, Sakiyama T, et al：Evaluation of a whole genome amplification method based on adaptor-ligation PCR of randomly sheared genomic DNA. Genes Chromosomes Cancer　38：168-176, 2003