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シリーズ最新医学講座・Ⅰ 法医学の遺伝子検査・5
法医学の領域におけるSingle nucleotide polymorphism(SNP)解析
著者: 那谷雅之1
所属機関: 1三重大学大学院医学系研究科環境社会医学講座法医法科学分野
ページ範囲:P.579 - P.585
文献購入ページに移動はじめに
Single nucleotide polymorphisms(SNP)は文字通りDNA上の一塩基の置換変異であり,ゲノム上に最も多く存在する多型であり,ヒトの疾患を含むあらゆる表現形質をマップするための多型検出マーカーとして注目されている.このSNPを検出するための高い能力をもった技術が開発されてきている.
法医学の領域では種々のDNA多型解析が行われてきている.個人識別・親子鑑定に多用されてきたD1S80は16塩基を1単位とした反復配列であり,現在の主流であるshort tandem repeat, STRもrepeatの名が示す通り反復配列である.その一方で,ABO式血液型を始めとする各種血液型についてのDNA解析やミトコンドリアDNAについての解析が行われ,実務にも用いられてきている.これら各種血液型およびミトコンドリアDNAの多型の多くは塩基置換によるものであり,SNPとして捉えることができる.
本稿では法医学の領域で行われてきたSNP検出法について概略を述べる.
Single nucleotide polymorphisms(SNP)は文字通りDNA上の一塩基の置換変異であり,ゲノム上に最も多く存在する多型であり,ヒトの疾患を含むあらゆる表現形質をマップするための多型検出マーカーとして注目されている.このSNPを検出するための高い能力をもった技術が開発されてきている.
法医学の領域では種々のDNA多型解析が行われてきている.個人識別・親子鑑定に多用されてきたD1S80は16塩基を1単位とした反復配列であり,現在の主流であるshort tandem repeat, STRもrepeatの名が示す通り反復配列である.その一方で,ABO式血液型を始めとする各種血液型についてのDNA解析やミトコンドリアDNAについての解析が行われ,実務にも用いられてきている.これら各種血液型およびミトコンドリアDNAの多型の多くは塩基置換によるものであり,SNPとして捉えることができる.
本稿では法医学の領域で行われてきたSNP検出法について概略を述べる.
参考文献
1) Yamamoto F, Clausen H, White T, et al:Molecular genetic basis of the histo-blood group ABO system. Nature 345:229-233, 1990
2) Lee JC, Chang JG:ABO genotyping by polymerase chain reaction. J Forensic Sci 37:1269-1275, 1992
3) Nata M, Nagae M, Aoki Y, et al:Application of ABH genotyping to paternity testing. Act Crim Japon 59:213-217, 1993
4) Watanabe G, Umetsu K, Yuasa I, et al:Amplified product length polymorphism (APLP);a novel strategy for genotyping the ABO blood group. Hum Genet 99:34-37, 1997
5) Doi Y, Yamamoto Y, Inagaki S, et al:A new method for ABO genotyping using a multiplex single-base primer extension reaction and its application to forensic casework samples. Leg Med 6:213-223, 2004
6) 那谷雅之,水上創,橋谷田真樹,他:融解曲線分析法によるABO式血液型genotyping.日法医誌 56:139, 2002
7) 篠根光太郎,橋谷田真樹,那谷雅之:TaqMan法を用いたABO式血液型genotyping.日本DNA多型学会第14回学術集会抄録集,p62, 2005
8) 橋谷田真樹,那谷雅之,安達登,他.SubcloningによるAmpli Type PM kit検出部位の検討.DNA多型9,東洋書店,pp66-68, 2001
9) Nata M, Hashiyada M:Rapid detection of GYPALDLR, HBGG, D7S8 and GC alleles by real-time fluorescence PCR (Brinkmann B, Carradedo A, eds), Progress in forensic genetics 9, Elsevier, pp27-32, 2003
10) Inagaki S, Yamamoto Y, Doi Y, et al:A new 39-plex analysis method for SNPs including 15 blood group loci. Forensic Sci Int 144:45-57, 2004
11) Hashiyada M, Itakura Y, Nagashima T, et al:High-throughput SNPs analysis for human identification. 17th International Association of Forensic Sciences Abstracts. p340, 2005
12) 橋谷田真樹,境 純,金武潤,他.個人識別を目的としたSNPデータベースの構築.日法医誌 60:印刷中,2006
13) 渡辺剛太郎,梅津和夫,湯浅勲,他.マルチプレックスSNP検査法による個人識別.日本DNA多型学会第14回学術集会抄録集,p31, 2005
14) Hiratsuka M, Tsukamoto N, Konno Y, et al:Forensic assessment of 16 single nucleotide polymorphisms analyzed by hybridization probe assay. Tohoku J Exp Med 207:255-261, 2005
15) Inagaki S, Yamamoto Y, Doi Y, et al:Typing of Y chromosome single nucleotide polymorphisms in a Japanese population by a multiplexed single nucleotide primer extension reaction. Leg Med 4:202-206, 2002
16) Maruyama S, Minaguchi K, Saitou N:Sequence polymorphisms of the mitochondrial DNA control region and phylogenetic analysis of mtDNA lineages in the Japanese population. Int J Legal Med 117:218-225, 2003
17) Umetsu K, Tanaka M, Yuasa I, et al:Multiplex amplified product-length polymorphism analysis of 36 mitochondrial single-nucleotide polymorphisms for haplogrouping of East Asian populations. Electrophoresis 26:91-98, 2005
18) 梅津和夫,湯浅勲,安達登,他.APLP法によるミトコンドリアハプログループの東アジア集団における出現頻度.日本DNA多型学会第14回学術集会抄録集,p27, 2005
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