臨床検査55巻9号

2011年09月発行

今月の主題 RNAの解析 各論 〈RNA解析の新技術〉

次世代シークエンサーによるトランスクリプトーム解析

著者： 清水厚志¹

所属機関： ¹慶應義塾大学医学部分子生物学教室

ページ範囲：P.841 - P.846

トランスクリプトーム解析は，ある瞬間の生物あるいは細胞の転写産物すべてを網羅的に解析する手法である．刺激応答や細胞分化の前後での遺伝子群の挙動を解析することで，個体/組織/細胞の性質を推測することができる．次世代シークエンサーの登場により，アレイの網羅性とSAGEの厳密性を兼ね備えた解析が可能となったが，現時点で次世代シークエンサーのデータを解釈するにはLinuxなどのインフォマティクススキルが必要とされる．しかし，数年以内には医療，臨床検査の現場で次世代シークエンサーの結果の解釈が求められる時代となるのは間違いない．そこで，本稿では次世代シークエンサーをとりまく状況と次世代シークエンサーによるトランスクリプトーム解析について概説する．

参考文献

1) Wang ET, Sandberg R, Luo S, et al : Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes. Nature　456：470-476，2008

2) Lee RC, Feinbaum RL, Ambros V, et al : The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell　75：843-854，1993

3) Aravin A, Gaidatzis D, Pfeffer S, et al : A novel class of small RNAs bind to MILI protein in mouse testes. Nature　442：203-207，2006

4) Guttman M, Amit I, Garber M, et al : Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals. Narure　458：223-227，2009

5) Wheeler DA, Srinivasan M, Egholm M, et al : The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing. Nature　452：872-876，2008

6) Stein LD : The case for cloud computing in genome informatics. Genome Biol　11：207，2010

7) Velculescu VE, Madden SL, Zhang L, et al : Analysis of human transcriptomes. Nat Genet　23：387-388，1999

8) Ozsolak F, Platt AR, Jones DR, et al : Direct RNA sequencing. Nature　461：814-818，2009

9) Mortazavi A, Williams BA, McCue K, et al : Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq. Nat Methods　5：621-628，2008

10) Trapnell C, Williams BA, Pertea G, et al : Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation. Nat Biotechnol　28：511-515，2010

11) Lee S, Seo CH, Lim B, et al : Accurate quantification of transcriptome from RNA-Seq data by effective length normalization. Nucleic Acids Res　39：e9，2011

12) Goecks J, Nekrutenko A, Taylor J, et al : Galaxy : a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences. Genome Biol　11：R86，2010

13) Levin JZ, Berger MF, Adiconis X, et al : Targeted next-generation sequencing of a cancer transcriptome enhances detection of sequence variants and novel fusion transcripts. Genome Biol　10：R115，2009

14) Palanisamy N, Ateeq B, Kalyana-Sundaram S, et al : Rearrangements of the RAF kinase pathway in prostate cancer, gastric cancer and melanoma. Nat Med　16：793-798，2010