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文献詳細

雑誌文献

臨床検査67巻9号

2023年09月発行

文献概要

今月の特集 COVID-19と臨床検査—得られた知見を今後の医療に活かす

COVID-19のウイルスゲノム解析

著者: 志村貴子1 宮冬樹1 小崎健次郎1

所属機関: 1慶應義塾大学医学部臨床遺伝学センター

ページ範囲:P.916 - P.926

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Point

●コロナウイルスの1つである新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)はプラス鎖のRNAウイルスであり,5′側からメッセンジャーRNA(mRNA)としてそのまま翻訳されるのと並行して,3′側から不連続に転写されたマイナス鎖を鋳型として複数のmRNAを合成することで,多種のタンパク質を作り出す複雑な仕組みをもつ.

●ゲノム解析技術の発展により,SARS-CoV-2であれば検体採取から数時間以内に全ウイルスゲノム配列を決定できるようになった.そしてその配列データはデータベース化され,全世界で共有されている.

●ウイルスは自身のゲノムの変異により感染力や病原性を変化させながら生き残りを図っている.そのウイルスゲノムを解析することで,ウイルス株の伝播動態や変異株の発生などを即時的に把握し,院内感染対策や行政施策,創薬研究などに活用することができる.

参考文献

1)Hendrix RW, Smith MC, Burns RN, et al:Evolutionary relationships among diverse bacteriophages and prophages: all the world's a phage. Proc Natl Acad Sci U S A 96:2192-2197,1999
2)Wu F, Zhao S, Yu B, et al:A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature 579:265-269,2020
3)Giedroc DP, Cornish PV:Frameshifting RNA pseudoknots: structure and mechanism. Virus Res 139:193-208,2009
4)Telwatte S, Martin HA, Marczak R, et al:Novel RT-ddPCR assays for measuring the levels of subgenomic and genomic SARS-CoV-2 transcripts. Methods 201:15-25,2022
5)Ziv O, Price J, Shalamova L, et al:The Short- and Long-Range RNA-RNA Interactome of SARS-CoV-2. Mol Cell 80:1067-1077.e5,2020
6)Wu CH, Chen PJ, Yeh SH:Nucleocapsid phosphorylation and RNA helicase DDX1 recruitment enables coronavirus transition from discontinuous to continuous transcription. Cell Host Microbe 16:462-472,2014
7)Sanjuán R, Nebot MR, Chirico N, et al:Viral mutation rates. J Virol 84:9733-9748,2010
8)Gregori J, Cortese MF, Piñana M, et al:Host-dependent editing of SARS-CoV-2 in COVID-19 patients. Emerg Microbes Infect 10:1777-1789,2021
9)Agusi ER, Allendorf V, Eze EA, et al:SARS-CoV-2 at the Human-Animal Interface: Implication for Global Public Health from an African Perspective. Viruses 14:2473,2022
10)Shimura T, Abe K, Takenouchi T, et al:Multiple introductions of SARS-CoV-2 B.1.1.214 lineages from mainland Japan preceded the third wave of the COVID-19 epidemic in Hokkaido. Travel Med Infect Dis 44:102210,2021
11)Shimura T, Kosaki K:Global spread of a Japan-originated Delta lineage of SARS-CoV-2 after the Tokyo Olympics is most likely unrelated to the Olympics. J Travel Med, 2022, in press
12)Young BE, Fong SW, Chan YH, et al:Effects of a major deletion in the SARS-CoV-2 genome on the severity of infection and the inflammatory response: an observational cohort study. Lancet 396:603-611,2020
reduces the enzyme activity and ameliorates the clinical severity of COVID-19. Sci Rep 12:1299,2022

掲載誌情報

出版社:株式会社医学書院

電子版ISSN:1882-1367

印刷版ISSN:0485-1420

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