感染症は,ほかの疾患と異なり原因となる微生物が存在する.原因微生物は,主に細菌,真菌,ウイルスであるが,このほか生物学的に遺伝子をもたないプリオン蛋白や,体長が数mmから10m近くにもなる寄生虫なども感染症を引き起こす.感染症治療の第一歩は,こうした原因の見極めである.治療には抗菌薬,抗真菌薬のほか,数は少ないものの抗ウイルス薬や駆虫薬などが用いられるが,原因となる病原体を見誤ると,全く異なる薬剤を選択してしまい患者が不利益を被ることになる.
感染症治療薬のなかで最も種類が多い抗菌薬は,細菌を標的にしているが,細菌にはグラム陽性菌,グラム陰性菌,嫌気性菌のほかマイコプラズマ,レジオネラ,リケッチア,クラミジアなどの非定型菌や結核菌などの抗酸菌など多岐にわたる.このうち特に前者3つは,われわれ宿主に常在している菌も多く,臨床検体からこうした菌が検出された場合に真の原因となっているのか,もし
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